進入新世紀，政府對水污染嚴峻形式的重視程度和治污投資力度逐步加大，全國各大中型城市、縣城生活污水處理設施建設的步伐加快，著力推進結構減排，加大對造紙、釀造、印染等行業落后產能淘汰力度，大力推進技術改造；積極推進農村污水的處理和資源化。這些措施扭轉了中國在國民經濟飛速發展的同時，水污染繼續惡化的不良勢頭，顯著改善了水環境。
中國污水處理行業市場存在的主要問題有相關政策、法規體系尚不完善；城鎮污水處理正處于行政管理體制的轉型階段，與市場化的要求還有一定的差距；部分城市污水處理廠的經營、監督主體混淆不清；收費制度實施不到位；投融資體制亟待完善；地方配套的污水收集管網建設滯后，污水收集率低，很多城鎮污水處理廠的水量水質與設計要求相差較大；對企業排污監督制度的不完善，部分工業企業存在不達標排放甚至偷排現象，對城市污水處理廠水質形成很大的沖擊，影響污水廠的正常運行。
為推動中國污水處理行業的健康發展，必須完善各種排污收費、污水資源化監督管理等的法制規范建設；推行循環經濟發展模式，在工業企業的新建和升級改造時采用BAT技術，實現原材料的減量化、再循環、再利用，以“污水資源化”為基本，從源頭上減少污水及污染物的產生量；促進污水處理行業的產業化、市場化，在政府的培育、引導、監督下，推動污水處理和再生水回用的產業化發展；施行科學合理的運營管理體制，加強政府部門、企業自身、社會公眾的參與監督意識；設立環保基金用于處理突發污染事件和對廢棄工業企業遺留污染的治理。
要加大對污染源排放的控制力度，工業企業要采用深度處理達到穩定達標排放；除繼續建設污水處理廠外，對已建成污水處理廠要加強運營監管，包括污水處理廠負荷率的提升，污水收集管網的完善，污泥處理處置設施的建設運行，再生水的利用等；采用人工濕地、生態修復、區域截污等措施加強區域綜合治理；增加科研投資，促進新的治理技術和設備的開發和應用；加大水污染防治監督檢查力度，進一步完善水污染防治保障機制；加快相關政策、法規體系的建設；加快污水處理行業產業化、市場化的步伐。
